과세관청은 질문조사권을 행사하는 세무조사를 할 수 있고, 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인해야 할 법적 의무를 부담한다.
하지만 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사(중복세무조사)는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라, 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있다. 따라서 중복세무조사는 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다.
미국의 경우 회계장부에 대한 세무조사는 1과세연도에 1회만 받는다는 것이 원칙(One-inspection rule)이고, 독일이나 일본의 경우에도 새로운 정보나 조세포탈 사실이 드러나지 않는 이상 중복세무조사가 금지된다고 한다.
우리 국세기본법도 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 재조사를 할 수 없도록 중복세무조사를 금지하고 있으나 일부 예외를 인정하고 있다.
'조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우', '거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우', '2개 이상의 과세기간과 관련해 잘못이 있는 경우', '조세심판원 등의 재조사 결정이 있는 경우', '납세자가 세무공무원에게 직무와 관련해 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우' 및 '부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 않은 부분에 대해 조사하는 경우' 등이 재조사가 허용되는 예외사유이다.
이에 대해 대법원은 금지되는 중복세무조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법한 것으로 보고 있다.
과세당국이 중복조사로 얻은 과세자료를 과세처분의 근거로 삼지 않았다거나 이를 배제하고서도 동일한 과세처분이 가능한 경우라고 하더라도 마찬가지다(대법원 2017. 4. 27. 선고 2014두6562 판결).
즉, 과세처분에 이르는 과정에서 절차적 정당성을 확보하지 못했다면 그 실질에 있어 정당성이 있다고 하더라도 과세처분의 효력 자체를 부정하는 것이다.
그런데, 납세자 입장에서 중복된 세무조사인지 여부를 판단하기 어려운 경우가 종종 있다.
예컨대, 과세관청이 세무조사를 하려면 조사대상자를 선정해 조사 15일 전에 사전통지를 해야 하는데, 세무공무원이 정식의 세무조사 사전통지 없이 현지확인을 한 후, 현지확인에서 확인된 자료를 바탕으로 정식의 세무조사를 착수한 경우에 중복세무조사 금지원칙이 적용되는 것인지 의문이 생길 수 있다.
이와 관련 대법원은 재조사가 금지되는 '세무조사'는 정식의 세무조사의 형식을 취한 것에 국한되는 것이 아니라 구체적 사안에서 개별적으로 판단해야 한다는 입장이다.
세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것으로 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵다.
하지만, 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉해 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 봐야 한다는 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결).
이러한 기준에 따르면, 현지확인의 명목이라고 하더라도 수일에 걸쳐 질문조사권을 행사하고 과세자료를 획득하는 것이라면 세무조사라고 할 것이다.
물론 납세자에게 법인세 신고내용을 약 30분간 설명하도록 부탁한 정도나 필요경비의 지출사실을 단순히 확인한 정도에 불과하다면 중복세무조사 금지원칙이 적용되는 세무조사로 보기 어렵다.
사회가 발전하면서 모든 행정영역에서 과거보다 더 엄격하게 절차적 정당성을 요구하고 있다. 납세자 입장에서도 과세처분의 실질적 당부만을 살피거나 고민하기 보다는 과세처분의 전 과정에서 부당한 취급을 받았는지, 법에서 정한 기준을 초과해 영업의 자유 등이 제한되었는지 등을 종합적으로 고민해 볼 필요가 있다.
