임직원에게 부여하는 대표적인 주식보상제도로는 스톡옵션(주식매수선택권)과 스톡 그랜트 등이 있다.
스톡옵션은 발행을 위한 법적 요건과 절차가 다소 복잡하다 보니 최근에는 자사주를 임직원에게 무상으로 지급하는 스톡 그랜트 방식도 점차 늘고 있다.
그럼에도 국내 스타트업 현장에서는 여전히 스톡옵션 제도가 가장 폭넓게 활용되고 있다. 이에 우리나라는 스타트업의 우수 인력 유치를 돕고자 벤처기업의 스톡옵션 행사 이익에 대해 여러 세제혜택을 부여하고 있다.

스톡옵션이란 무엇일까
스톡옵션이란 기업이 임직원에게 일정 수량의 자기 회사 주식을 미리 정한 가격으로 매수할 수 있는 권리를 부여하는 제도를 말한다.
스타트업 설립 초기에는 회사의 주식 가치가 낮은 것이 일반적이다. 임직원은 회사와 정한 기간 동안 미리 정해진 가격(행사가격)으로 회사 주식을 매수할 수 있는 스톡옵션을 부여받고, 이후 회사 가치가 상승하면 해당 스톡옵션을 행사하여 낮은 행사가격으로 주식을 취득한 뒤 이를 매도함으로써 차익을 얻을 수 있다.
스톡옵션 행사로 얻는 이익에는 소득세가 부과된다. 행사가액과 행사 당시 주가의 차이(행사이익)에 대해 세금이 매겨진다. 이때 회사에 근무 중이면 근로소득, 퇴사 후나 상속받은 경우에는 기타소득으로 구분해 과세한다.
회사에 근무 중인 상태에서 행사하면 '근로소득'으로, 퇴사 후 또는 상속으로 취득한 스톡옵션을 행사하면 ‘기타소득’으로 과세된다.
벤처기업 임직원에게 주어지는 세제혜택
벤처기업 임직원이라면 스톡옵션 행사이익에 대하여 비과세, 납부특례, 과세특례(과세이연) 등의 세제혜택을 적용받을 수 있다.
여기서 '벤처기업 임직원의 스톡옵션 행사이익'이란 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3에 따라 부여받은 스톡옵션 및 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 스톡옵션(코넥스 상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정)을 행사하여 얻는 이익을 의미한다.
여기서 유의해야 할 점은 '부여 시점'에 벤처기업이어야 세제혜택을 적용받을 수 있다는 점이다.
즉, 스톡옵션을 먼저 부여하고 나중에 벤처기업 인증을 받으면 특례를 적용받을 수 없는 반면, 부여 시점에 벤처기업이었다면 이후 행사·양도 시점에 벤처기업이 아니더라도 세제혜택을 적용받을 수 있다.
투자 유치를 앞두고 스톡옵션 부여를 검토 중이라면 인증 시점 관리가 무엇보다 중요하겠다.
1. 벤처기업 스톡옵션 행사이익 비과세 특례 (「조세특례제한법」 제16조의2)
벤처기업 임직원이 2027년 12월 31일 이전에 받은 스톡옵션을 행사하면, 연간 2억원까지는 소득세가 면제된다. 한 회사에서 받을 수 있는 비과세 금액은 최대 5억원이다.
비과세 한도는 종전 5천만원에서 벤처기업의 우수 인재 유치를 지원하기 위해 2023년 1월 1일 이후 행사분부터 연간 2억원 및 누적 5억원으로 대폭 상향되었고, 이 한도는 현재까지 유지되고 있다. 또한, 특례 적용기한(일몰)이 종전 2024년 말에서 2027년 12월 31일 부여분까지 연장되었다.
따라서 벤처기업 임직원이라면 스톡옵션을 행사하더라도 연간 2억원까지는 비과세를 적용받아 세금 부담이 없을 것이며, 실제로 대부분의 임직원이 여기에 해당할 것이다.
비과세 특례를 받고 싶으면 임직원은 회사에 신청 의사를 밝히면 된다. 회사는 행사일이 속한 다음 해 2월 말까지 관련 서류를 세무서에 내야 한다.
2. 벤처기업 스톡옵션 행사이익 납부특례 (조세특례제한법 제16조의3)
벤처기업 임직원이 2027년 12월 31일 이전에 받은 스톡옵션을 행사할 때 납부특례를 신청하면, 행사이익에 대한 소득세를 5년에 걸쳐 나눠서 낼 수 있다.
납부특례를 적용받으려는 임직원은 회사에 '납부특례적용신청서'를 제출하고, 행사일이 속하는 해의 다음 해 5월 종합소득세 신고 시 스톡옵션 행사이익을 합산하여 신고하면서 산출세액의 1/5만큼만 납부하면 된다. 나머지 세액은 이후 4년에 걸쳐 매년 1/5씩 나누어 납부하면 된다.
다만, 행사가격과 시가의 차액을 주식이 아닌 현금으로 교부받는 경우(차액정산형)에는 납부특례를 적용받을 수 없다는 점에 유의해야 한다.
비과세 한도인 2억원을 먼저 적용받은 뒤 남은 행사이익에 대해 납부특례까지 활용한다면, 스톡옵션 행사이익에 대한 당장의 세부담을 크게 줄일 수 있겠다.
3. 벤처기업 스톡옵션 행사이익 과세특례 (조세특례제한법 제16조의4)
벤처기업 임직원이 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 스톡옵션을 행사하면서 과세특례를 신청하면, 행사 시점에는 세금을 내지 않고 주식을 팔 때 양도소득세로 낸다. 즉, 세금 납부가 나중으로 미뤄진다.
스톡옵션을 행사하는 임직원은 대개 이미 근로소득이 있는 상황이다. 우리나라의 소득세 누진세율 체계를 감안하면 스톡옵션 행사이익이 근로소득에 얹어질 경우 세부담이 크게 늘어날 수 있고, 소득 증가로 건강보험료 부담도 함께 커질 수 있다. 이 때문에 세금을 내기 위해 보유 주식을 팔아야 하는 경우도 생길 수 있다.
그러나 과세특례를 적용받으면 과세 시기가 주식 매각으로 수익이 실제 실현되는 양도 시점으로 이연되므로, 당장의 세금 납부 재원 부담이 없어진다. 또한, 세금 측면에서도 다음과 같은 장점이 있다.
- 분류과세: 양도소득은 근로소득 등 종합소득과 합산되지 않고 별도로 분류과세된다.
- 낮은 세율: 중소기업 주식의 경우 대주주가 아니라면 10%(지방소득세 포함 11%), 대주주라면 과세표준 3억원까지 20%, 3억원 초과분 25%(지방소득세 포함 각각 22%·27.5%)의 세율이 적용되어, 종합소득세율과 비교하면 상대적으로 낮은 세율을 적용받을 수 있다.
- 건강보험료 비대상: 양도소득은 건강보험료 산정 대상 소득이 아니므로 건보료 부담 증가에 영향을 주지 않는다.
한편, 2023년 이후 개정으로 과세특례의 활용 폭이 한층 넓어졌다.
- 시가 이하 발행분도 포함: 종전에는 시가 이상으로 발행한 스톡옵션만 과세특례 대상이었으나, 부여 당시 시가보다 낮은 행사가격으로 발행한 스톡옵션도 과세특례 대상에 포함되었다. 다만 시가 이하 발행에 따른 할인 차익만큼은 행사 시점에 근로소득으로 과세된다.
- 양도소득금액 계산식 정비: 위와 같이 시가 이하 발행분이 편입됨에 따라, 양도 시점의 양도소득금액 계산 시 '행사 당시 실제 매수가액'과 '부여 당시 시가' 중 큰 금액을 취득가액 기준으로 차감하도록 하였다.
하지만 혜택이 큰 대신 적용 요건이 엄격하고, 사후 관리도 필요하다. 과세특례를 받으려면 다음 조건을 모두 만족해야 한다.
1. 벤처기업 임직원일 것 (지배주주 또는 10% 초과 지분 보유 주주 및 그의 특수관계인 제외)
2. 「벤처기업육성에 관한 특별법」에 따른 적격 스톡옵션일 것
3. 부여일부터 2년 이상 재직한 후 행사할 것
4. 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 행사일이 속하는 과세기간까지의 전체 행사가액 합계가 5억원 이하일 것
5. 증권사를 통해 임직원 본인 명의의 스톡옵션 전용계좌를 개설하여 행사로 취득한 주식을 해당 계좌에 보관할 것
또한, 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일로부터 1년 이내에 처분해서는 안 된다. 이러한 사후관리 요건을 위반하면 과세특례가 배제되어 행사이익이 근로소득(또는 기타소득)으로 다시 과세될 수 있으므로 각별한 주의가 필요하다.
우리나라도 스타트업 성장을 지원하기 위해 스톡옵션 관련 세금 혜택을 계속 확대하고 있다. 비과세, 납부특례, 과세특례 모두 2027년 말까지 적용된다. 과세특례 대상도 넓어졌다.
다만 각 특례는 부여 시점의 벤처기업 인증, 재직 기간, 전체 행사가액 한도, 전용계좌 개설, 처분 제한 등 세부 요건과 절차가 까다롭고, 위반 시 혜택이 사후적으로 배제될 수 있다. 스타트업 오너와 임직원이라면 이러한 세제혜택을 놓치지 않도록 평소 세금에 관심을 갖는 것이 필요하겠다.














