'연구 및 인력개발비 세액공제'는 법인 또는 개인이 연구 및 인력개발을 위하여 지출한 비용의 일정금액을 법인세 또는 소득세에서 공제해 주는 것으로서, 조세특례제한법 제10조에서 규정하고 있다.
연구개발비를 지출한 기업은 그 지출액 전액을 비용으로 인정받음과 동시에 지출액의 일정 부분에 대한 세액공제를 적용받을 수 있다. 중소기업의 경우, 일반 연구·인력개발비는 원칙적으로 당기 발생액의 25%를 세액공제받을 수 있고, 일정 요건을 충족하는 경우에는 직전 과세연도 대비 증가분의 50%를 공제받는 방식도 선택할 수 있다. 만일 항공·우주 등 신성장·원천기술이나 반도체·이차전지 등 국가전략기술과 관련된 연구개발비라면 공제율은 이보다 더 높아진다. 이처럼 연구 및 인력개발비 세액공제는 기업이 활용할 수 있는 가장 절세효과가 큰 제도 중 하나다.
그러나 절세효과가 큰 만큼 그 적용 범위와 요건을 둘러싼 납세자와 과세관청 간의 이견도 잦다. 이에 국세청은 한편으로는 이러한 불확실성을 줄이기 위하여 연구·인력개발비 사전심사제도를 도입하는 등 납세자를 지원하고 있으나, 다른 한편으로는 검증도 강화하고 있다. 실제로 국세청은 2026년 세무조사에서 반복적으로 과세되는 '중점검증항목' 10개 유형을 사전 공개하면서 '연구·인력개발비 부당 세액공제'를 그중 하나로 포함시켰다.
이하에서는 이 공제를 적용받기 위한 요건과 공제 대상이 되는 비용 및 주의점, 그리고 사전심사제도를 차례로 살펴본다.
세액공제를 받기 위한 요건
1) 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
연구 및 인력개발비 세액공제 중 가장 큰 비중을 차지하는 자체 연구개발비, 예컨대 연구전담요원 인건비와 연구용 재료비 등을 세액공제 대상으로 인정받기 위해서는 원칙적으로 과학기술정보통신부장관으로부터 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서에서 연구개발활동이 수행되어야 한다. 기업부설연구소 등의 인정요건은 크게 인적요건과 물적요건으로 나뉜다.
• 인적요건: 원칙적으로 자연계 분야의 학사 이상이거나 국가기술자격법에 따른 기술·기능 분야 기사 이상인 자로서 연구를 전담하는 사람을 연구전담요원이라 한다. 이러한 연구전담요원이 벤처기업은 2명, 소기업은 3명(창업일부터 3년까지는 2명), 중기업은 5명 이상 필요하며(중견기업은 7명, 대기업은 10명 이상), 기업부설연구소가 아닌 연구개발전담부서를 설립하는 경우에는 연구전담요원 1명만 있으면 된다.
• 물적요건: 고정벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 구분된 독립 공간을 확보해야 한다. 다만 중소기업·벤처기업으로서 연구공간이 50㎡ 이하인 경우에는 별도 출입문 없이 파티션·책장 등으로 구분해도 인정된다.
2) 연구개발활동을 수행
기업부설연구소와 전담부서를 설치하였다고 바로 세액공제를 적용 받을 수 있는 것은 아니며, 회사가 실제로 연구개발활동을 수행하여야 한다.
세법에서는 연구개발활동을 ‘과학적･기술적 진전 또는 새로운 서비스 및 서비스전달체계 개발을 위한 체계적이고 창의적인 활동’이라고 정의하고 있다. 즉 새로운 제품이나 공정을 개발하기 위한 기술적 진보, 또는 새로운 서비스를 창출하기 위한 창의적 활동이어야 한다.
따라서 기술적 개선이 없는 단순 공정 최적화, 논문·인터넷·특허자료의 단순 인용, 단순한 디자인 및 규격 변경, 시장 반응을 확인하기 위한 소비자 테스트, 판매된 제품의 A/S 및 기술지원 등은 연구개발활동에 해당하지 않는다.
회사의 연구개발활동이 조세특례제한법상 연구개발에 해당하는지는 사실판단이 개입되는 영역이어서, 과세관청과 납세자 사이에 이견이 자주 발생하는 쟁점이며, 사실판단에 도움을 주는 구체적인 사례는 국세청에서 발간한 ‘연구 및 인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인’에 기재되어 있다.
3) 증거서류의 작성 및 보관
연구·인력개발비 세액공제를 적용받기 위해서는 연구개발 과제별로 정해진 서식에 따라 연구개발계획서와 연구개발보고서를 작성 및 보관하여야 한다. 연구노트의 경우, 신성장·원천기술이나 국가전략기술과 관련된 세액공제를 적용받을 때에는 함께 작성하여야 하는 필수서류이지만, 일반 연구개발비 세액공제만 적용받는 경우에는 반드시 작성하여야 하는 서류는 아니다. 다만 연구노트는 연구개발활동의 사실관계를 입증하는 데 매우 중요한 자료이므로, 일반 세액공제를 적용받는 경우에도 작성하여 5년 이상 보관하기를 권한다.
증빙서류에는 작성자·작성일자·투입인력현황·수행 연구개발내용 등이 객관적이고 자세하게 기재되어야 한다. 국세청은 이러한 증거서류를 바탕으로 해당 기업이 실제 연구개발활동을 수행하였는지를 판단하므로 증거서류의 작성과 보관은 세액공제 적용 여부를 좌우하는 중요한 요소라고 할 수 있다.
세액공제를 받을 수 있는 비용 및 주의점
세액공제 대상이 되는 연구·인력개발비는 크게 인건비, 위탁·공동연구개발비, 재료비 등, 인력개발비로 나뉜다. 다만 연구개발출연금, 보조금 등 국가·지방자치단체·공공기관 등으로부터 지급받은 금액으로 연구개발비 또는 인력개발비를 지출한 경우에는 그 부분은 공제대상에서 제외되므로, 자기부담분에 대해서만 세액공제를 적용해야 한다.
1) 인건비
기업부설연구소나 전담부서에서 연구활동을 전담하는 연구전담요원과 연구보조원의 인건비가 공제대상이다. 인건비는 명칭을 불문하고 근로의 대가로 지급하는 금액을 말하며, 이들에 대한 사회보험료(이른바 4대보험)의 사용자 부담분도 인건비에 포함된다(퇴직소득 및 복리후생비는 제외).
인건비를 세액공제 받기 위하여 주의할 점은 다음과 같다. 먼저 연구전담요원은 연구활동만을 전담하여야 하며, 생산·영업·구매·관리 등 연구 외의 업무를 겸직하지 않도록 유의하여야 한다. 연구원이 다른 업무를 전담하거나 병행한 사실이 확인되면 일부가 아니라 그 인원과 관련된 인건비 전액이 부인될 수 있으므로 특히 유의하여야 한다. 또한 발행주식의 10%를 초과하여 보유한 주주인 임원과 그 특수관계인의 인건비, 그리고 연구원의 관리·감독에 그치는 연구소장의 인건비는 공제 대상이 되지 않는다. 연구보조원의 경우 연구과제를 보조하는 업무만을 수행하여야 한다. 마지막으로 이러한 요건의 충족 여부는 결국 사실판단에 따라 결정되므로, 연구노트와 연구개발계획서·보고서 등 이를 입증할 수 있는 근거서류의 구비가 반드시 필요하다.
2) 위탁 및 공동연구개발비
대학, 정부출연연구기관 등 외부 전문기관에 연구개발을 위탁하거나 이들과 공동으로 연구개발을 수행하면서 지출한 비용도 공제대상이 된다.
위탁 및 공동연구개발비에 대하여 주의할 점은 다음과 같다. 첫째, 수탁연구는 공제대상이 아니다. 위탁자로부터 비용을 지급받아 수행하는 개발로서 그 연구결과물의 소유권이 위탁자에게 귀속되는 활동은, 해당 비용이 위탁자의 연구개발비에 해당하므로 이를 수행한 수탁자의 입장에서는 세액공제 대상이 되지 않는다. 둘째, 국내외 다른 기업에 위탁하는 경우에는 그 수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있어야 하며, 해당 전담부서가 직접 수행한 부분에 한하여 공제가 적용된다.
셋째, 과학기술분야와 관련이 없는 위탁비용은 적용대상이 아니다. 예컨대 기존 업무의 효율성 향상을 위한 전산시스템 위탁개발 등 기업의 사업운영·관리·지원 활동과 관련된 비용은 연구개발이 아닌 일반적인 관리·지원활동에 해당하여 공제대상에서 제외된다. 따라서 위탁한 용역이 과학기술분야의 연구개발에 해당함을 입증할 수 있도록 위·수탁계약서와 함께 연구개발보고서 등 근거서류를 구비해야 한다.
3) 재료비 등
전담부서 등이 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료·시약류의 구입비가 공제대상이며, 시제품(시범제작)에 소요된 외주가공비도 이에 포함된다. 또한 순수한 재료비가 아니더라도 연구개발에 사용하는 소프트웨어의 구입비, 연구·시험용 시설이나 장비의 임차료·이용료 등도 공제대상에 포함된다. 다만 일반 생산용·양산용 재료, 사무용 소모품비, 인사·급여 등 일반 사무용 소프트웨어, 그리고 시설·장비의 취득비용이나 건물 임차료 등은 공제대상에 해당하지 않는다.
4) 인력개발비
한편 이 제도는 연구개발비와 별개로 인력개발비, 즉 종업원의 직무능력 향상을 위한 교육훈련 비용도 공제대상으로 한다. 법에 열거된 위탁훈련비 등이 이에 해당하나, 연구개발비에 비해 적용 범위와 금액이 제한적인 경우가 많아 실무상 상대적으로 비중은 크지 않은 편이다.
사전심사제도
연구·인력개발비 세액공제에서 가장 까다로운 부분은 어떤 활동이 '과학적·기술적 진전을 이루기 위한 창의적 활동', 즉 연구개발활동에 해당하는지를 판단하는 일이다. 그 경계가 명확하지 않아 기업이 스스로 판단하기 어려울 뿐만 아니라, 같은 활동을 두고도 납세자와 과세관청의 시각이 엇갈리는 경우가 많다. 이 때문에 신고 후 공제가 부인되어 가산세와 함께 추징되는 위험이 늘 따른다.
이러한 불확실성을 줄이기 위하여 국세청은 사전심사제도를 운영하고 있다. 이는 세액공제를 적용받으려는 기업이 신고 전에 지출하였거나 지출할 비용이 연구·인력개발비에 해당하는지를 국세청에 미리 심사하여 줄 것을 요청하는 제도이다. 사전심사를 거치면 두 가지 혜택이 있다. 먼저 심사결과 통지내용에 따라 세액공제를 신청한 경우에는 신고내용 확인 및 감면 사후관리 대상에서 제외된다. 또한 이후 심사결과와 다르게 과세처분이 이루어지더라도 과소신고가산세가 면제된다. 다만 심사 과정에서 부정확한 서류를 제출하거나 사실관계의 변경·누락 또는 탈루 혐의가 있는 경우에는 이러한 혜택이 적용되지 않는다.
신청은 해당 사업연도 과세표준 신고 전까지 가능하며(12월말 결산법인의 경우 다음 연도 3월 31일까지), 신고 시 누락한 부분은 경정청구 또는 기한 후 신고 전까지 신청할 수 있다. 홈택스 및 방문접수 모두 가능하고, 확정되지 않은 비용이라고 하더라도 연구개발활동에 해당하는지 여부에 대한 심사도 가능하다. 사전심사가 의무는 아니므로 이를 거치지 않고 종전과 같이 신고할 수도 있으나, 앞서 본 바와 같이 국세청이 연구·인력개발비 부당공제를 2026년 세무조사 중점검증항목으로 선정한 만큼, 공제 요건의 충족 여부가 불분명한 경우에는 사전심사를 통하여 미리 확인받는 방법도 고려해 볼 수 있겠다.
기업인이 주의해야 할 점
연구·인력개발비 세액공제는 기업 입장에서 매우 유용한 절세수단이지만, 그만큼 사후검증이 빈번한 항목이기도 하다. 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정받았다는 사실만으로 충분하지 않고, 실제 연구개발활동의 수행 여부, 연구전담요원의 전담성, 지출 비용의 성격, 증빙서류의 작성·보관 여부가 모두 함께 뒷받침되어야 한다.
따라서 연구개발활동 해당 여부에 대한 판단이 어렵거나 공제금액이 큰 경우에는 신고 전에 요건을 면밀히 점검하고, 필요에 따라 사전심사제도의 활용 여부도 함께 검토해 볼 필요가 있다.
☞우동철 세금전문기자는?
다수의 연구·인력개발비 세액공제 관련 경정청구와 용역을 수행한 전문가. 고려대학교 경영학과를 졸업한 공인회계사로 삼정회계법인·안진회계법인 세무본부에서 약 8년간 근무하며 세무 전문성을 쌓았다. 이후 세무회계사무소에서 소상공인 및 개인사업자 세무를 경험한 뒤, 삼도회계법인과 해림회계법인에서 회계감사·가치평가·인수합병(M&A) 관련 세무 자문 등으로 업무 영역을 확장했다. 현재 해림회계법인 부대표를 맡고 있다.
