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연구인력개발비 세액공제 받는 방법

  • 2019.05.07(화) 11:00

[Tax&]최문진 우리회계법인 공인회계사

기업들이 가장 많이 사용하고 조세 절감 효과도 큰 조세특례를 꼽자면 연구인력개발비(R&D) 세액공제)를 들 수 있습니다.

R&D 세액공제는 투자나 고용 인원의 증가가 아닌 연구인력개발비라는 비용에 대한 세액공제라는 점에 특색이 있습니다. 비경상적으로 발생하는 거액의 투자가 아닌, 경상적으로 매년 발생하는 비용을 공제 대상으로 하기 때문에 실제로 적용하는 기업이 많은 조세특례입니다.

또한 중소기업의 R&D 세액공제는 '최저한세(最低限稅)'의 적용 대상에서 제외된다는 점에서 세금을 전혀 납부하지 않는 경우를 종종 볼 수 있습니다.

최저한세란 납세자가 감면 등을 적용 받은 후 세액이 일정 수준, 예컨대 중소기업은 과세표준의 7%에 미달하는 세액에 대해서는 더 이상 감면을 적용하지 않는 제도를 말합니다. 그런데 중소기업의 R&D 세액공제는 최저한세도 적용되지 않으므로 과세표준에 세율을 곱해서 산출되는 세액보다 공제세액이 더 많다면 세금을 납부하지 않는 경우가 발생할 수 있습니다.

그리고 중소기업의 당기에 발생한 R&D 비용 공제율은 25%로 매우 높습니다. 또한 일반적인 세액공제를 받을 때에는 공제세액의 20%를 농어촌특별세로 납부해야 하지만, R&D 세액공제는 농어촌특별세를 납부할 필요도 없습니다.

그래서 기업들은 조세특례를 검토할 때 우선적으로 R&D 세액공제를 고려합니다. 이러한 R&D 세액공제를 받으려면 어떠한 절차가 필요할까요.

먼저 연구인력개발비의 공제 대상을 살펴보겠습니다. 공제 대상은 자체연구개발비와 위탁공동연구개발비, 기타연구비입니다. 다만 정부출연금 등으로 받은 연구개발비는 제외합니다. 그 중에서 금액 비중이 높은 항목을 보자면 인건비와 부품 등의 재료비입니다.

인건비와 재료비를 세액 공제받기 위해서는 첫 번째로 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 그 기업에 설치해야 합니다.

기업부설연구소의 경우 기업 규모에 따라 연구전담요원 2명~10명 이상이 근무해야 하지만, 이보다 요건을 완화한 연구개발전담부서는 1명 이상만 근무하면 충족합니다.

또한 연구요원 등이 상시 근무하는데 필요한 일정한 면적 이상을 확보해야 하며, 고정된 벽과 별도 출입문으로 다른 부서와 구분해 독립적인 공간을 확보해야 하는 게 원칙입니다. 다만 반드시 독립된 별도의 건물일 필요는 없으며, 다른 부서와 사무실이 분리돼 있으면 됩니다.

이러한 인적 요건과 물적 요건 등을 갖추고 한국산업기술진흥협회에 신청하면 심사를 통해 인증서를 발급받습니다. 바로 이 인증서가 R&D 세액공제를 받기 위한 첫 관문이자 가장 중요한 서류입니다.

주의할 점은 신고일 이후 발생하는 비용만 세액공제를 적용 받을 수 있으며, 연구소 등 승인 이전의 비용을 소급하여 공제 받을 수 없습니다. 따라서 연구소 등 요건을 갖추었다고 판단되면 가급적 빠른 시일 내에 절차를 진행해 인증서를 받아야 공제세액을 온전히 지켜낼 수 있습니다.

두 번째로 연구소 또는 전담부서에서 종사할 연구요원과 연구보조원을 고용해 연구개발활동을 수행해야 합니다. 이 경우, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정·관리 업무를 담당하는 연구관리 직원은 공제 대상이 아닙니다.

연구요원 등은 전업적으로 연구개발업무를 수행해야 하며 연구소 등 소속 인력으로 한국산업기술진흥협회에 연구요원으로 신고돼야 합니다. 다만, 자격 요건을 갖추지 못해 연구요원으로 신고되지 않았더라도 실질상 전업적으로 연구개발 관련 업무에 종사했다면 공제 대상에 포함할 수 있습니다.

세 번째로 연구소 등의 연구요원 등에게 인건비를 지급해야 합니다. 급여·수당·상여금 등은 원칙적으로 인건비에 포함되지만 퇴직금은 제외합니다. 또한 연구요원 등의 복리후생비·출장비·여비교통비·회의비 등은 제외합니다.

실무상 간과하기 쉬운 항목을 보자면 국민연금보험료, 건강보험료 및 고용보험료 사용자부담금 등 4대 사회보험의 사용자 부담금이 있습니다. 해당 사용자 부담금을 급여 등이 아닌 복리후생비로 회계처리한 경우에도 R&D 세액공제를 받을 수 있습니다.

또한 연구소 또는 전담부서를 설치하면 해당 연구소 등에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류 구입비도 공제 받을 수 있습니다. 올해부터는 콘텐츠 분야에 사용되는 창작용 소프트웨어, 서체·음원·이미지의 대여·구입비도 재료비에 추가됐습니다.

안정적인 R&D 활동을 통해 기업의 경쟁력을 높이면서 동시에 만족스러운 절세 효과를 기대할 수 있는 R&D세액공제의 도입을 검토하길 바랍니다.

 

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