기업은 여러 이유로 본사나 공장을 옮긴다. 좋은 인력의 채용, 좋은 거점의 확보, 유통비용 절감, 다른 기업들과의 협업이나 정보교류 등 이유는 다양하다. 특히 수도권으로의 이전은 기업에 필요한 자원과 정보에 쉽게 접근할 기회를 주고, 생산한 재화나 용역을 공급할 수 있는 큰 시장을 제공한다는 점에서 매력적이다.
하지만 수도권으로 이전하려는 기업은 수도권집중을 억제하는 규제를 받을 수 있다. 우리나라의 수도권 규제정책은 1964년 '대도시 인구집중방지책' 이후 현재까지 지속되고 있다. 수도권 규제정책으로서 세금정책도 중요한 부분을 차지하는데, 골자는 수도권으로 이전하는 기업에 대해 세금부담을 늘리는 것이다.
우선 신경써야 할 것은 수도권에서 취득하는 재산에 대한 취득세 중과다. 대도시(수도권과밀억제권역에서 산업단지를 제외함)로 이전하는 법인은 재산의 취득과 관련된 세금부담이 늘어난다. 법인의 본점·주사무소·지점·분사무소(이하, 본점 등)를 대도시 밖에서 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 승계취득 하는 경우에는 표준세율 4%가 아니라 중과된 8%의 세율로 취득세가 적용된다.
대도시 밖에서 대도시로 건물을 신축해 이전하는 경우에도 표준세율 2.8%가 아니라 중과된 8.4%의 세율이 적용된다. 취득세에 더해 지방교육세와 농어촌특별세도 과세된다.
특히, 대도시 밖에 있는 법인의 본점·주사무소를 대도시로 전입한 경우, 이 전입은 법인의 설립으로 보아 설립에 관한 등록면허세에 3배를 납부해야 한다. 게다가 이미 납부한 설립관련 등록면허세도 공제되지 않는다. 대도시로 전입한 이후에도 5년 이내에 자본이나 출자액이 증가하는 경우에는 중과된다는 점을 유의하여야 한다.
대도시 전입 당시에 취득한 부동산에 대해서만 취득세가 중과세 되는 것이 아니다. 대도시 전입 전후 5년 이내에 취득한 부동산도 취득세 중과세 적용대상이 될 수 있다. 대도시 전입 이전 5년 이내에 본점 등으로 직접 사용하기 위해 취득한 부동산은 전입시 중과된 취득세가 추징된다. 다만 임대·매각 목적으로 취득한 부동산은 중과세되지 않는다.
본점 등의 대도시 전입 이후 5년 이내에 취득한 부동산은 업무용·사업용 여부와 관련 없이 모두 중과세 될 수 있다. 전입 후 5년이 경과한 이후에 취득한 부동산은 중과세 되지 않지만, 수도권에서 본점·주사무소용 건축물을 신축·증축해 취득하면 동일한 수도권 안에 있던 기존 본점·주사무소에서 이전해 오는 경우라고 해도 취득세 중과대상이 된다.
뿐만 아니다. 서울이 아닌 대도시에서 서울로 본점 등을 이전하는 경우에도 취득세가 중과될 수 있다. 대도시 전입 이후에 대도시 안의 다른 곳으로 이전하는 경우에는 취득세를 중과하지 않지만, 서울이 아닌 대도시에서 서울로 본점 등을 이전하는 경우에는 대도시로의 이전으로 보기 때문이다.
이 때 본점은 본점등기 여부를 기준으로 판단하는 것이 아니라 중추적 관리기능의 수행여부를 기준으로 판단한다. 본점은 기획·재무·총무 등 법인의 전반적인 사업을 수행하고 있는 곳인 영리법인의 주된 사무소를 의미한다. 다수의 사업 분야를 목적사업으로 하고 있는 경우 각 사업부분의 총괄·조정·사업전략 등의 기능도 본점기능으로 본다.
물론 수도권 취득재산 중과세에도 예외는 있다. 이전 법인의 본점 등을 수도권에 있는 산업단지로 이전하는 경우는 중과세를 피할 수 있다. 대도시에 있는 벤처기업집적시설·산업기술단지에 입주한 기업에 대해서는 취득세·등록면허세·재산세를 중과하지 않는다. 또한 이전법인이 은행업, 첨단기술산업, 유통산업, 사회기반시설사업, 의료업, 전기통신사업 등 대도시 중과제외 업종에 직접 사용할 목적으로 취득한 부동산에 대해서도 취득세를 중과하지 않는다.
대도시로 이전했지만 재산의 취득과 관련한 세금을 줄일 수도 있다. 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 중소기업이 사업시설용으로 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 50%와 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 37.5%를 경감한다.
또한 창업벤처중소기업은 수도권과밀억제권역에서 부동산을 취득해도 창업일 당시 업종의 사업을 계속하기 위해 취득한 경우에 해당된다면 창업일부터 4년(청년창업기업의 경우 5년) 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 75%를 경감한다.
수도권으로의 이전은 취득세라는 새로운 세금부담도 신경써야 하지만 수도권 밖에서 얻을 수 있었던 세금혜택를 잃는다는 부분도 알아야 한다. 수도권 이전 기업은 투자세액공제를 더 이상 받지 못할 수 있기 때문이다.
수도권과밀억제권역으로 이전하는 기업이 그 지역에 있는 새로운 사업장에서 사용하기 위해 취득하는 사업용 고정자산에 대해서는 연구시험용시설등 투자에 대한 법인세·사업소득세 세액공제(1~5%)와 신성장기술사업화시설 투자에 대한 법인세·사업소득세 세액공제(5~7%)가 적용되지 않는다. 다만 중소기업은 수도권으로 이전해도 이들 세금혜택을 계속 적용받을 수 있다.
