"지방세는 따로 불복을 하지 않아도 됩니다. 소득세나 법인세만 불복하시면 됩니다", "세율이 20%이니까, 이 문제로 과세가 되면 지방세까지 해서 22% 부담이 있겠네요"
변호사가 되어서 고객과 상담을 하면서 한동안 자주 하던 말들인데, 지금은 반은 맞고 반은 틀린 말이 되었다. 왜 그럴까?
납세자의 소득·재산·거래 등에 따라 여러 세금이 부과되는데, 경제인으로서 소득을 얻는다면 소득세와 법인세는 피해갈 수 없는 세금이다. 사업자의 형태에 따라 개인소득 또는 법인소득이 발생하면 소득세나 법인세를 납부해야 하는데 여기에 지방소득세가 보태져 납세자의 최종적인 세금 부담이 된다.
종래에는 지방세인 지방소득세가 국세인 소득세와 법인세의 부가세(Surtax)로 취급되어, 세액의 계산이나 환급절차에서 독립성이 매우 낮은 반면, 납세자의 세액 계산이나 환급절차는 매우 간이했다.
2014년 이전까지 지방세법은 지방소득세액을 소득세액 또는 법인세액의 10%로 산정하도록 하면서, 소득세나 법인세를 환급하는 경우에는 지방소득세도 환급해야 한다는 명문의 규정도 두고 있었다. 아울러 지방소득세가 소득세와 법인세의 부가세이므로 별도의 세무조사 없이 세액의 확정이 가능했다.
국세인 소득세나 법인세에 관한 세무조사 이후 과세소득 증가를 이유로 지방소득세가 부과되더라도 소득세나 법인세에 대해서 다투고 있다면, 지방세소득세에 대해서는 별도의 소송이 필요 없다는 것이 대법원 판례였다.
그런데 2014년 지방세법이 개정되면서 사정이 조금 달라졌다. 개정 지방세법은 지방소득세의 과세표준을 종전의 소득세액 또는 법인세액에서 소득세 또는 법인세의 과세표준으로 변경하면서 세율도 별도의 누진세율을 적용하게 된 것이다. 개인지방소득세의 경우 0.6%에서 4.2%의 누진세율, 법인지방소득세의 경우 1%에서 25%의 누진세율이다.
물론 여기서 지방소득세에 적용되는 누진세율은 소득세율 또는 법인세율의 10%와 같아서 많은 경우 개정 전후의 차이가 없다. 하지만, 소득세 또는 법인세의 세액공제분이 있는 경우에는 차이가 있을 수 있다. 현행 지방소득세법은 개인과 법인을 나누어 그 환급 방식을 달리 규정하고 있기 때문이다.
개인의 경우 소득세와 동일한 취지의 세액공제 규정을 두면서 소득세를 환급하는 경우 개인지방소득세도 환급하도록 하고 있지만, 법인은 법인세를 환급하는 경우 법인지방소득세를 환급하라는 명문의 규정을 두지 않고 있다.
이는 실무상의 차이로 이어지는데, 예컨대 사업자가 세액공제 대상인 연구인력개발비를 지출하는 경우 개인사업자는 소득세와 개인지방소득세 모두에 대해 세액공제를 받을 수 있지만 법인사업자는 법인세에 대해서만 세액공제를 받을 수 있다. 따라서 법인의 경우 지방세법의 개정으로 실질적 세액감면 규모가 축소된다.
이와 같은 지방소득세의 독립은 지방재정권의 독립과 맞물려 장기적인 관점에서 진행되고 있다. 그러나 그 과정에서 납세자에 대한 불이익이 발생한다는 점은 분명 문제다.
실제로 A사는 지방세법이 개정된 2014년 이전부터 조세특례제한법상 연구인력개발비 투자에 따른 법인세 세액공제를 받아왔는데, 중간에 지방세법이 개정되어 불이익을 봤다.
A사는 투자한 사업연도의 법인세액이 최저한세액에 미달해 5년간 이월공제를 받고 있었는데, 관할 지방자치단체가 이월공제 대상 중 지방세법 개정이후분에 대해서는 지방소득세의 과세표준이 변경되어 법인세와 동일한 세액공제 효과를 줄 수 없다며 감면액을 깎은 것이다.
A사는 2014년 이전에 투자를 한 부분에 대해서 5년간 법인세에서 이월공제를 받는 경우 그 이월공제분의 10%에 해당하는 지방소득세도 구 지방세법에 따라 감면받을 수 있다는 신뢰는 보호되어야 한다고 주장하며 행정소송을 냈다.
이에 대해 서울행정법원은 최근 "A사의 연구인력개발비 지출은 구 지방세법에서 지방소득세의 과세표준인 법인세액의 공제를 신뢰해 이루어진 것이므로 그러한 신뢰는 보호돼야 한다"며 A사의 청구를 인용했다.
서울행정법원은 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면했거나 부과 또는 감면해야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다'고 규정한 개정 지방세법 부칙 제15조를 판단의 근거로 봤다.
구 지방세법에서 연구인력개발비에 대한 명시적인 감면규정을 두고 있지 않았더라도 부가세 방식의 지방소득세에 대해서는 법인세의 감면규정도 함께 고려해야 한다는 취지다.
이 판결의 취지에 따라 2014년 이전에 발생한 이월공제로 인해 지방세법 개정 이후 법인세를 이월공제받은 법인은 5년의 경정청구기간 내에 지방소득세의 환급을 청구하는 방안을 고려해 볼 필요가 있다.
지방소득세를 독립세로 전환했다 하더라도 과세표준을 공유하는 한 소득세나 법인세와 완전히 결별한 것으로 보기는 어렵다.
실무상 지방자치단체의 독립된 세무조사권을 어떻게 운용할 것인지, 세무조사 후 납세자가 별개의 소송을 진행해 구제를 받아야 하는지 등에 대해서는 여전히 정리가 되지 않은 것으로 보인다. 향후 입법으로 개선되어야 할 부분이다.
